제2차 세계대전 당시 폭격으로 완전히 파괴되었으나 남중국해 연안의 가야 만에 심해 정박지가 있다는 이유로 1946년 영국령 북보르네오 주(후에 사바 주가 됨)의 새 주도로 선정되어 가야 만 갯벌간척사업을 비롯한 재건 및 확장 공사가 이루어졌다. 오늘날에는 1줄로 길게 늘어선 앞바다의 산호섬들과 크로커 산맥 사이의 좁고 길쭉한 땅에 주거 및 상업용 건물들이 즐비하게 들어서 있다. 인근 가야 섬에 있던 원래의 거주지는 1897년 반영(反英) 이슬람 폭도인 마트 살레의 방화로 불타버렸는데, 이 사건 이후 현지에서는 이곳을 아피아피('불의 장소'라는 뜻)라고 부르기 시작했다. 이 이름 외에 이 지역에서 발견되는 홍수림 수종과 관련된 이름도 있다. 그후 영국령 북보르네오회사의 사장인 찰스 제슬 경의 이름을 따서 1899년 현재의 장소에 제슬턴이라는 지명으로 재건되었고, 1968년에는 코타키나발루('키나발루 산의 요새'라는 뜻)로 이름이 다시 바뀌었다.